Se il passaggio da 4 a 2 cilindri è netto, è probabile un falso contatto su una centralina o ingresso di una bobina AT. Controlla lo stato dei faston sugli ingressi bobine AT (sotto il serbatoio) e sui morsetti delle centraline (fianchetto sx, i primi 2 connettori in alto). Potrebbe essere un falso contatto da filo spezzato, ossido, sporcizia o solo un faston male inserito o troppo lento.
Se lo zoppicamento non è così netto, ma passa anche da 4 a 3 cilindri, controlla lo stato dei cavi AT, prima svitando le pipette e al limite sfilandoli anche dalle bobine per vedere se c'è ossido o altre anomalie. In questo secondo caso potrebbe essere il secondario di una bobina interrotto, va controllato col tester.
Altrimenti possiamo considerare anche la carburazione.
Una bobina e relativa centralina è per i cilindri laterali, l'altro gruppo è per i centrali. Quando ti va a 2 cilindri, prova a staccare una pipetta esterna per vedere se si spegne il motore o se non cambia nulla, così sappiamo quale dei due circuiti è imputato.
Qui per l'altro problema, se cerchi sul forum vedrai che se ne è parlato tanto.
http://www.hondacb.net/04_articoli/01_tecnica/Sistema%20di%20carica/Sistema%20di%20carica%20batteria_HOME.htm